Balai Penerapan Standar Instrumen Lingkungan Hidup dan Kehutanan (BPSILHK) Samboja yang ada saat ini merupakan hasil metamorfosa instansi sejak tahun 1979. Sejarah berdirinya BPSILHK Samboja dari masa ke masa disajikan secara ringkas sebagai berikut:

1. Wanariset I Samboja

Cikal bakal kantor BPSILHK Samboja ialah Hutan Penelitian Wanariset I Samboja yang ditetapkan tahun 1979 melalui SK Menteri Pertanian No. 723/Kpts/Um/II/1979 di bawah Lembaga Penelitian Hutan Bogor, Departemen Pertanian RI. Tokoh yang pernah terlibat pada masa Wanariset I antara lain Dr. Willie Smits merupakan Team Leader Tropenbos.

Salah satu program penelitian Wanariset I yang menonjol yaitu program stek pucuk yang berhasil menerbitkan regulasi kewajiban pembuatan stek pucuk pada setiap HPH. Program penelitian lainnya yaitu pertumbuhan tanaman dan penelitian mikoriza.

2. Stasiun Penelitian BPK Samarinda

Pada tahun 1985, Wanariset I Samboja diubah menjadi Stasiun Penelitian berada di bawah pengelolaan Balai Penelitian Kehutanan Samarinda (BPK Samarinda). Fokus kegiatan yang dilaksanakan antara lain rehabilitasi dan konservasi lahan bekas terbakar. Kepala Stasiun yang pernah menjabat antara lain Ir. Daud Leppe dan Dr. Ir. Kade Sidiyasa (alm).

Pola kerjasama kolaboratif banyak dilaksanakan dengan mitra Tropenbos, PT Inhutani I, dan APHI. Seiring waktu, kerjasama juga dilakukan dengan The International Tropical Timber Organization (ITTO) yang melaksanakan kegiatan di Jalan Semoi KM 7, serta dengan PT. Kelian Equator Mining (PT KEM) dalam pelaksanaan kegiatan rehabilitasi lahan. Kegiatan konservasi fauna berupa reintroduksi orangutan mulai berjalan dilaksanakan bersama Tropenbos dan BKSDA.

Untuk menunjang kegiatan penelitian dasar, pada tahun 1989 dibangun Herbarium Wanariset Samboja yang didanai secara keseluruhan oleh pihak luar negeri melalui Tropenbos bekerja sama dengan Leiden University, Belanda. Pada tahun 1992 Herbarium ini mendapat pengesahan dari Menteri Kehutanan, serta terakreditasi dan terdaftar di Index Herbariorum dengan akronim WAN.

Sarana dan prasana lain mulai dibangun untuk mendukung pelaksanaan kegiatan pada masa ini.  Beberapa sarana tersebut di antaranya mess pegawai bantuan dari APHI dan PT. Inhutani I, rumah dinas dan kantor dibangun dari dana APBN dan Tropenbos.

3. Loka Litbang Satwa Primata (LP2SP)

Pada tahun 2002, Stasiun Penelitian berubah menjadi Loka Penelitian dan Pengembangan Satwa Primata (LP2SP) berdasar SK Menhut No. 6175/Kpts-II/2002. LP2SP merupakan Unit Pelaksana Teknis (UPT) setingkat Eselon IV yang berada di bawah Badan Litbang Kehutanan. Fokus kegiatan LP2SP ini yaitu melakukan kegiatan penelitian konservasi flora dan fauna dengan wilayah kerja meliputi Pulau Kalimantan.

LP2SP menjalankan tugas pokok dan fungsi sebagai institusi riset di bidang konservasi biodiversitas. Penelitian yang dilaksanakan antara lain 4 judul penelitian Teknologi Konservasi Biodiversitas Flora dan Fauna Langka dan 2 judul Model Pengelolaan Taman Nasional.

Menjabat sebagai Kepala Loka Litbang Satwa Primata yaitu Ir. Dody Setiabudi (2002-2006).

4. Balai Penelitian Teknologi Perbenihan Samboja (BPTP Samboja)

Berdasarkan Peraturan Menteri Kehutanan No. P.30/Menhut-II/2006, LP2SP berubah menjadi Balai Penelitian Teknologi Perbenihan Samboja (BPTP Samboja) setingkat Eselon III. Fokus kegiatan penelitian BPTP Samboja ialah pada teknologi perbenihan hutan alam dengan wilayah kerja meliputi Pulau Kalimantan, Sulawesi dan Maluku. Beberapa kegiatan penelitian dilakukan antara lain eksplorasi dan karakteristik morfologi benih tumbuhan hutan, teknik penanganan benih Macaranga sp, dan penyimpanan benih Shorea sp dalam bentuk semai.

Menjabat selaku Kepala BPTP Samboja yaitu Ir. Tjuk Sasmito Hadi, M.Sc (2007-2011).

5. Balai Penelitian dan Pengembangan Teknologi Konservasi Sumber Daya Alam (Balitek KSDA)

Tahun 2011, BPTP Samboja berubah menjadi Balai Penelitian Teknologi Konservasi Sumber Daya Alam (Balitek KSDA) berdasar Peraturan Menteri Kehutanan No. P.32/Menhut-II/2011. Satker setingkat Eselon III ini merupakan salah satu UPT yang secara khusus menangani kegiatan penelitian teknologi konservasi sumber daya alam yang berada di bawah Badan Litbang Kehutanan dengan wilayah kerja seluruh Indonesia.

Pada 2016, mengikuti perubahan organisasi Kementerian Kehutanan menjadi Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan, Balitek KSDA juga mengalami perubahan nama menjadi Balai Penelitian dan Pengembangan Teknologi Konservasi Sumber Daya Alam di bawah Badan Penelitian Pengembangan dan Inovasi LHK (BLI LHK). Perubahan nama tersebut berdasarkan Peraturan Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan No. P.21/MenLHK/-Setjen/OTL.0/1/2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Penelitian dan Pengembangan Teknologi Konservasi Sumber Daya Alam dengan wilayah kerja seluruh Indonesia.

Menjabat sebagai Kepala Balitek KSDA antara lain: Dr. Nur Sumedi, S.Pi, M.Si (2011-2014), Ahmad Gadang Pamungkas, S.Hut., M.Si (2014-2019), dan Dr. Ishak Yassir (2019-sekarang)

6. Balai Penerapan Standar Instrumen Lingkungan Hidup dan Kehutanan (BPSILHK) Samboja

Perubahan Balitek KSDA ke BPSI LHK yang semula fokus kegiatan litbang beralih ke Penerapan Standar Instrumen Lingkungan Hidup dan Kehutanan dengan wilayah kerja Provinsi Kalimantan Timur dan Kalimantan Utara.  Perubahan ini berdasarkan Peraturan Menteri Lingkungan hidup Kehutanan nomor 26 Tahun 2022 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Badan Standardisasi Instrumen Lingkungan Hidup dan Kehutanan.

Transformasi dari Balitek KSDA ke BPSI LHK tetap di bawah pimpinan Dr. Ishak Yassir (2022-sekarang). Perubahan ini merupakan reformasi birokrasi dari Kementerian LHK yang merubah struktur dan tupoksi UPT.  Beberapa Kegiatan Teknis dari BPSILHK Samboja tahun 2022 terkait dengan fokus kegiatan Standardisasi Instrumen Ketahanan Bencana dan Perubahan Iklim (Mitigasi Kebencanaan), Standardisasi Instrumen Kualitas Lingkungan Hidup (Pengelolaan Sampah Pemukiman) dan Standardisasi Instrumen Pengelolaan Hutan Berkelanjutan (Konflik satwa).  Tahun 2023 BPSILHK Samboja melaksanakan 17 Kegiatan terkait dengan Kegiatan Standar IKN, Ketahanan Bencana dan Perubahan Iklim, Kualitas Lingkungan Hidup dan Pengelolaan Hutan Berkelanjutan.